Theo Vietnamnet, ngày 23 tháng 11 năm 2008 khi các đoàn khảo cổ học quốc tế về Hoàng thành Thăng Long, gồm các chuyên gia Nhật Bản, Hàn Quốc, Đài Loan, Pháp, Bỉ do Viện Khoa học Xã hội Việt Nam tổ chức đến tham quan nghiên cứu chùa Phật Tích, thì chứng kiến một thực trạng tan hoang tại nơi đây[5]. Nền chùa cổ đã bị đào phá bằng máy xúc và đang xây mới, các hiện vật quý bị vứt ngổn ngang khắp nơi.

Hiện nay, rất nhiều tượng Phật cổ tại chùa đã được chuyển đến bảo quản tại Bảo tàng Mỹ thuật Việt Nam.